El cementerio fue construido hace unos 150 años en un terreno comprado a los de la casa Gospalea, ya que para entonces no había sitio en las inmediaciones de la iglesia. Una vez fueron construidos el cementerio y el camino hasta el mismo, el pueblo de Etxalar realizó una solicitud al que en aquel entonces era Gobernador de Navarra, pidiéndole que se hiciera cargo de los gastos de la obra, 12949 reales por el cementerio y 3438 por el camino, mas las deudas que tenía con la iglesia, en total 79804 reales.

Desde su construcción en lo referente a estructura no ha cambiado nada. El cambio más destacable que se aprecia son las lapidas de mármol que se ponen hoy en día. Algunas de las estelas que fueron encontradas en el almacén de la iglesia se colocaron en el cementerio.